1、當事人相應的資質問題導致合同無效或合同主體不適格。目前部分施工單位為了規避資質問題達到中標結果，借用其他單位的資質證書或者以其他企業的名義投標，所得利益內部分成。這樣的施工合同往往以報價低廉、工程質量標準要求低、工期不確保、程序簡單、監管不到位為特點。規避的方式多為證書借用、名義頂替、實為獨立明為附屬等。筆者認為不具備上述資質、資格或者超越資質證書的等級范圍而訂立的建設工程施工合同應從法律上講應認定為無效合同，但從實務操作上論為保護當事人雙方的既得利益，維護正常的社會秩序和經濟秩序應具體對待。

2、聯營共建問題。建設工程領域內聯營共同成立項目部或指揮部共建一項工程很常見，主要是一個單位資金人力不足，利益驅使和其他單位聯合參與共建一項工程。常見于邀請招標、協議工程、內部工程等中小規模工程。此類合同往往因聯營方因為利益分配、人員管理、工程分工問題而產生糾紛，致使工程不能順利開展，導致發包人的利益損失。并且一旦發生糾紛一方當事人如果將未參與發包、簽約過程的聯建單位作為案件當事人，由于其并不是建設工程合同的當事人，便會出現是否有依據判令其承擔合同責任的問題。由于目前尚無明確的法律規定，各法院在實踐中做法不一，影響了執法的統一性。

3、非法轉包、分包問題。《招投標法》和《建設工程施工招標投標管理辦法》都明確規定了禁止承包人非法轉包和違法分包建設工程。但實踐中，很多發包企業監管不利或者說忽視該現象存在，從而導致非法轉包、分包問題發生頻繁，最終一旦出現糾紛責任主體難以認定，承包方相互推卸責任，從而導致工程的交付日期和質量不能保證。

4、規避招投標程序或程序違法，在實踐過程中很多發包方為圖省事、節省開支而規避法律使必須通過招標的工程采取邀請招標或直接談判的方式進行，因為該合同違反法律強制性規定而無效。

上述問題的解決方法《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》已作出解釋和處理辦法，根據最高人民法院的司法解釋以及現實中的實際情況，筆者認為應做如下處理：

首先，有關施工資質不合格及規避招投標程序的施工合同不應一概認定合同無效，應視工程進展情況而定，如工程尚未開工，合同應認定無效，雙方當事人應根據法律規定重新確立有資質的當事人或者廢標之后重新組織招投標并簽定合法的建筑工程施工合同；如果工程已經開工可根據工程進度以及特殊情況來決定是否繼續由施工方施工，但合同相對內容應有所改變；如果工程已開工，沒有特殊情況必須由施工方繼續施工，應改變施工主體，有過錯的一方應承擔過錯賠償責任

其次，有關聯營共建問題，聯營共建與聯合投標不同，聯營共建的各方當事人是分散的并且一般都有建設資質，施工合同中的簽約的承建方可能是一個主體也可能是多個主體。而聯合投標是以一個共同的主體參與投標各方均為建設施工合同的當事人，聯合投標主體以資質較底的單位確立整體資質。筆者認為聯營共建合同一旦發生糾紛實際參與者都應是責任的主體，屬必要共同訴訟，但聯建方的幾個主體內部責任的劃分應視各方實際參與經營情況而定；聯合投標的幾個主體根據合同相對性原則可以確定一個訴訟主體，其他聯合主體可以被列為第三人。

最后，非法轉包、分包問題。該問題不應適用合同相對性原則，非法轉包、分包的雙方當事人應為共同被告承擔連帶賠償責任，并為共同訴訟主體。

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